För att stänga av en dieselmotor måste bränsletillförseln till motorn stängas av. Detta kan göras manuellt genom att stänga av bränsleventilen eller genom att använda en automatisk avstängningsmekanism. När bränsletillförseln stängs av fortsätter motorn att gå en kort stund tills bränslet i cylindrarna är slut. När allt bränsle är förbrukat slutar motorn gå.
Vissa dieselmotorer är utrustade med ett glödstiftssystem som hjälper till att starta motorn i kallt väder. Glödstiften värmer luften i cylindrarna, vilket gör det lättare för dieselbränslet att antändas. När motorn stängs av stängs även glödstiften av automatiskt.
Dieselmotorer är också utrustade med en säkerhetsfunktion som kallas överhastighetsregulator. Överhastighetsregulatorn är utformad för att förhindra att motorn går för fort. Om motorvarvtalet överstiger en viss gräns kommer övervarvsregulatorn automatiskt att stänga av bränsletillförseln till motorn.