Vissa versioner av D16-motorn har VTEC (Variable Valve Timing and Lift Electronic Control), en teknik som varierar tidpunkten och lyftningen av motorns ventiler för att förbättra prestanda och bränsleeffektivitet.
D16-motorn med VTEC kallas vanligtvis D16Z6-motorn. Den introducerades först 1989 i modellerna Honda Civic Si och CRX Si. D16Z6-motorn producerar 125 hästkrafter och 106 pund-fots vridmoment.
D16Z6-motorn är känd för sin mjuka kraftleverans, högvarvsnatur och utmärkt bränsleekonomi. Den anses vara en av de bästa fyrcylindriga motorerna som någonsin tillverkats av Honda.